m 17. Jahrhundert begeben sich die Jesuitenpriester Rodrigues und Garupe auf die beschwerliche Reise von Portugal nach Japan: Dort soll ihr einstiger Lehrmeister das Unglaubliche getan und dem katholischen Glauben abgeschworen haben. In Japan bietet sich den Priestern ein schlimmes Bild. Die Christen werden rücksichtslos verfolgt, Rodrigues und Garupe müssen sich verstecken, wenn sie nicht gefoltert werden wollen. Als sie voneinander getrennt werden, sieht sich Rodrigues mit zunehmend größeren Zweifeln konfrontiert.